Placówka została powołana do istnienia 29 marca 2013 r. Jubileuszowe uroczystości odbyły się w kościele p.w. Świętych Apostołów Piotra i Pawła oraz w auli szkoły.
Rozpoczęła je msza św. w intencji nauczycieli, pracowników obsługi, rodziców, uczniów i absolwentów. Następnie miała miejsce część oficjalna w auli Franciszkańskiego Liceum Ogólnokształcącego w Toruniu, w trakcie której odbyło się podsumowanie dziesięciu lat działalności oraz przemówienia zaproszonych gości. W wydarzeniu uczestniczył zastępca prezydenta Torunia Adrian Mól. Po części oficjalnej uczestnicy uroczystości mieli okazję zwiedzić szkołę. Na zakończenie obchodów jubileuszu odbył się poczęstunek w restauracji Lawenda.
Patronem, którego idee przyświecają działalności społeczności szkolnej placówki jest św. Franciszek z Asyżu. Logo Szkoły Franciszkańskiej w Toruniu przedstawia otwartą księgę, symbol życia człowieka, istoty społecznej posługującej się słowem. Słowami VERITAS LIBERTAS zostały wyrażone wartości, które stanowią motto placówki i które określają horyzont wspólnej pracy edukacyjno-wychowawczej – w służbie Bogu i człowiekowi, pracy, której pierwszym etapem jest rzetelne poznawanie świata w atmosferze wzajemnego szacunku i zaufania.
Fot. Antoni Gumiński